Foi o Rei D. Luís, o único monarca português que comandou navios, quem começou por escrever a história do Museu de Marinha. A 22 de Julho de 1863, decreta a constituição de uma colecção de testemunhos relacionados com a actividade marítima portuguesa.
Este museu nasce da vontade manifestada por este monarca, de enorme sensibilidade artística e cultural, em conservar um passado histórico, tão presente, ainda, na memória colectiva nacional.
Mas o Museu também reflecte o louvável esforço de preservação, que se observou durante os séculos XVI e XVII. Foi o caso da Rainha D. Maria II, que em muito contribuiu para a constituição do núcleo de peças inicial deste museu, ao oferecer à Real Academia dos Guardas-Marinha – predecessora da Escola Naval – os modelos de navios existentes no Palácio da Ajuda.
A Escola Naval, então situada nas instalações do Antigo Arsenal da Marinha, surge como o local possível para albergar este tesouro histórico que, entretanto, começou a ser alvo de um interessante trabalho de pesquisa e musealização, liderado pelo seu Director Comandante Joaquim Pedro Celestino Soares.
Entretanto, inúmeras diligências são efectuadas, desde a concentração e conservação da colecção junto da Biblioteca de Marinha, até à tentativa de criação e instalação de um Museu Nacional de Marinha, entregue à direcção da Liga Naval Portuguesa, em 1909. Tal instalação nunca chegou a efectuar-se.
Em 1916, um incêndio de grandes proporções, destrói grande parte da colecção entretanto reunida.
O Museu Naval Português assume-se como projecto museológico decorrente da antiga colecção, começada a reunir desde o século XVIII, tomando forma a partir de 1934, albergado provisoriamente na Escola Naval, torna-se uma componente activa de formação.
É, também, neste mesmo ano que se cria uma comissão instaladora para conceber o ante-projecto e o programa de obras do edifício anexo ao Mosteiro dos Jerónimos.
Falar da história do Museu de Marinha significa, também, falar do seu grande benemérito Henrique Maufroy de Seixas. Assume uma importância vital para esta instituição, ao legar em testamento, em 1948, a sua vasta e valiosa colecção particular, a que chamou de Museu Naval.
O clausulado do testamento, obrigava a que fosse encontrado um imóvel suficientemente digno e preparado para receber e exibir esta colecção, para o qual o Mosteiro dos Jerónimos, por todo o seu carácter histórico e simbólico, se propôs como opção ideal.
Contudo, este acervo museológico acabou por ser instalado na Biblioteca e Museu de Marinha tendo sido, posteriormente, transferido para o Palácio dos Condes de Farrobo (Palácio das Laranjeiras) onde permaneceu, provisoriamente, entre 1949 e 1962.
Após promulgação e reestruturação orgânica do museu e seu regulamento, em 1959, estavam reunidas as condições para iniciar uma nova e derradeira etapa na vida desta instituição.
Foi, pois, a 15 de Agosto de 1962 que o Museu de Marinha abriu oficialmente as suas portas, nas alas norte e poente do Mosteiro dos Jerónimos, junto do qual se construiu, mais tarde, um amplo pavilhão para exposição das galeotas e um complexo destinado à direcção e serviços.
Rodeado de enorme solenidade, este momento foi o culminar da concretização de um antigo sonho. No dia da sua inauguração foi publicado no Diário de Notícias, com direito a destaque de primeira página, o seguinte: «Com a presença do chefe de Estado e em cerimónia de envergadura, sobejamente justificada pela importância e pelo significado português de tudo quanto está relacionado com os oceanos, é hoje inaugurado o Museu de Marinha.»
Volvidos mais de cem anos desde a sua criação por decreto, o Museu de Marinha, repousando junto ao Tejo, estava finalmente em casa.
Desde então, o Museu de Marinha tornou-se um dos mais importantes, reconhecidos e visitados museus portugueses.
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Museu da Marinha